Численні технічні проблеми супроводжували цю унікальну конструкцію, і єдиний екземпляр з двигуном розбився після кількох випробувальних польотів. Незважаючи на це, літак залишається одним із найбільш незвичайних бойових літаків, випробуваних під час Другої світової війни. Армія США знайшла прототипи Ho 229 від V3 до V6 у Фрідріхроді, Німеччина, у квітні 1945 року.
Для всього світу він виглядає як сучасний літак-невидимка, але 75 років тому. Прототип літака здійснив випробувальні польоти в лютому 1945 року – всього за три місяці до закінчення Другої світової війни в Європі. Результати були обнадійливими, але не було часу та виробничих можливостей для того, щоб довести його до робочого стану.
Єдиний уцілілий планер Ho 229, V3, і єдиний уцілілий німецький реактивний прототип часів Другої світової війни, який все ще існує— виставлено в головному залі Центру Стівена Ф. Удвара-Хейзі Смітсонівського національного музею авіації та космосу (NASM) поряд з іншими німецькими літаками часів Другої світової війни.
У своєму подальшому житті, Реймар Хортен висунув ідею про те, що Horten Ho 229 V3 призначений для створення літака-невидимки., що випередило б дизайн цього літака на кілька десятиліть.
Незважаючи на передовий дизайн, Horten Ho 229 ніколи не бачив бойових дій під час Другої світової війни, оскільки до кінця війни були закінчені лише прототипи. Однак літак пройшов випробування та оцінку Люфтваффе, продемонструвавши вражаючі льотно-технічні характеристики, включаючи високу швидкість і маневреність.
Чи літав коли-небудь Horten 229? Перший прототип V1, який не мав двигуна і не мав фіксованого шасі, здійснив кілька польотів з 1 березня 1944 року, поки не розбився при посадці. Кажуть, що прототип V2, оснащений двома Jumo 004, ненавмисно злетів під час випробувань на руління 18 грудня 1944 року.