Промотори РНК-полімерази II складаються з великої кількості дискретних послідовностей ДНК (також названих боксами або елементами), зазвичай розташованих вище за сайт початку транскрипції, але також всередині та нижче за транскрибованими ділянками (Lenhard et al., 2012).
Коровий промотор РНК-полімерази II зазвичай визначається як послідовність, яка керує ініціацією транскрипції. Це просте визначення заперечує різноманітний і складний транскрипційний модуль. Існує два основних типи основних промоторів – сфокусовані та розсіяні.
Мінімальна система транскрипції РНК-полімерази II (pol II) складається з полімерази та п’яти загальних факторів транскрипції (GTF) TFIIB, -D, -E, -F і -H. Додавання медіатора забезпечує реакцію на регулятивні фактори. GTF необхідні для розпізнавання промотора та ініціації транскрипції.
Промотор, що стосується геноміки, є ділянка ДНК перед геном, де відповідні білки (такі як РНК-полімераза та фактори транскрипції) зв’язуються, щоб ініціювати транскрипцію цього гена. У результаті транскрипції утворюється молекула РНК (наприклад, мРНК).
РНК-полімераза I є ферментом, який транскрибує рибосомні РНК. РНК-полімераза II – це фермент, який транскрибує попередники мРНК. РНК-полімераза III – це фермент, який транскрибує тРНК.
У своїй найпростішій формі білок-білкові взаємодії, які регулюють активність pol II, включають компоненти преініціаційний комплекс (TBP, TAFIIs, TFIIB, pol II, TFIIF, TFIIE та TFIIH) та активатори транскрипції (зв'язаний або з промоторними проксимальними, або з дистальними енхансерними елементами).