Місія Сан-Хуан Капістрано переїхав до річки Сан-Антоніо зі Східного Техасу 5 березня 1731 року. Недобудовану церкву використовували як кладовище, де поховали деяких мешканців місії. Сьогодні багато парафіян є нащадками первісних мешканців місії.
Історична пам'ятка Кам'яна церква була зруйнована землетрусом 1812 року. Експропрійована під час правління Мексики, місія була повернута католицькій церкві в 1865 році проголошенням президента Авраама Лінкольна. Це майно також було внесено до Національного реєстру історичних місць 03.09.71.
Місія спочатку була заснована на східному березі річки Сан-Антоніо на південь від Аламо; проте, його тричі переносили. Його перемістили на його теперішнє місце на західному березі річки за деякий час до 1730 року (Ivey and Thurber 1983; Cruz 2013).
Він був заснований більше двохсот років тому як сьомий з 21 місій по всьому штату є каплиця, яка все ще стоїть де Сент-Серра колись відправляв месу. Сьогодні це пам’ятник мультикультурній історії Каліфорнії, що включає її індіанську, іспанську, мексиканську та європейську спадщину.
Протягом багатьох років Місія постраждала від низки природних катаклізмів, але роботи по реставрації та реконструкції датуються приблизно 1910 роком. Сьогодні він функціонує як музей.
З першого погляду. Місія Сан-Хуан Капістрано переїхала на річку Сан-Антоніо зі Східного Техасу 5 березня 1731 року.. Недобудовану церкву використовували як кладовище, де поховали деяких мешканців місії. Сьогодні багато парафіян є нащадками первісних мешканців місії.